古来より山岳信仰の霊山として名高く、佐賀県立自然公園でもある黒髪山のほぼ頂上にあります。弘法大師さまが入唐求法の途上で遣唐使船が平戸係留の間に、 無事の渡航を祈念して黒髪山にご登嶺され、無事にご帰朝の後にはお礼参りに再びご登嶺あり、不動明王を爪彫りされ安置されたのが寺の始まりと伝えられています。(この不動明王は今は佐世保市の黒髪山大智院にお祭りされています)
現在の西光密寺のご本尊は、黒髪三所権現の本地仏といわれる、薬師如来、阿弥陀如来、千手観音の三体の掛け仏さま(秘仏)です。多数ある山中の石造物等から、往時の信仰の深さが偲ばれます。
